El Modelo de Gestión del PDOT de Cuenca, tiene como objetivo  desarrollar una adecuada articulación entre los objetivos estratégicos del PDOT. Cuenca y los objetivos de desarrollo nacional propuestos en el PNBV, para lo que reconoce y se articula a los sistemas y procesos existentes en el territorio;  establece  instancias institucionales necesarias para la implementación y evaluación de su cumplimiento a través de una gestión institución descentralizada y desconcentrada. El MG incluye tres componentes básicos: (i) Diseño del ente gestor; (ii) Sistema de gestión (indicadores que señalen el éxito o las alertas del plan); y (iii) Sistema de seguimiento y evaluación.